隨著食品資源的不斷開發，食品品種不斷增加、生產規模擴大，加工、儲藏、運輸等環節的增多，消費方式的多樣化，使人類食物鏈變得異常復雜。食品安全也隨著環節的多樣化而增加，主要表現在以下幾個方面。
　　微生物、寄生蟲、生物毒素等生物污染 在整個生產、流通和消費過程中，都可能因為管理不善而使病原菌、寄生蟲滋生及生物毒素進入食物鏈中。微生物及其毒素導致的傳染性疾病流行，是危害人類健康的主要頑癥。據世界衛生組織公布的資料顯示，在過去的20年間，在實踐范圍內新出現的傳染病已得到確認的有三十余種。此外，我國海域遼闊，海洋寄生蟲及其他寄生蟲種類繁多，這些自然寄生蟲一旦進入人體，就會危及到個人的人生和健康安全。一些曾經得到有效控制的傳染性疾病在一定范圍內又有蔓延的趨勢。登革熱、鼠疫、腦膜炎等也在一些地區重新發生，在美日等發達國家和地區一種能夠引起腸道出血的大腸桿菌也多次被發現。微生物和寄生蟲污染是造成食物不安全的主要因素，也始終是各國政府和社會各界努力控制的重中之重。
　　環境污染 環境污染物在食品中的存在，有去自然背景和人類活動影響兩方面的原因。旗幟，無機物如汞、鎘、鉛等重金屬及放射性物質在一定程度上受到食品產地地質、地理條件影響，其危害性并不普遍，但更為常見的主要污染性因素是工業、采礦、能源、交通、城市排污及農業生產所帶來的，通過環境及食物鏈危及人類自身的安全。有機物中的二噁英，多環芳烴、多氯聯苯等工業化合物及副產品，都具有可在環境和食物鏈中富集的特性，對食品的安全危害性極大。防止食物受到環境變化的影響，持續改善人類自身的環境已經成為社會和政府的主要課題。
　　營養不平衡 營養不平衡就其涉及的人群之多之廣也成為現代社會要預防的一個主要課題，特別是發達國家呈逐年上升的趨勢，我國的的膳食營養平衡問題也逐年增加。由于現代生活節奏和習慣的變化，人類攝入過量的能量、脂肪、蛋白、糖鹽和低攝入膳食纖維、某些礦物質等，近年來，高血壓、糖尿病、肥胖癥、冠心病等稱之為“富貴病”的發病率和發病人群都呈增長趨勢。食物供應充足，但飲食不平衡同樣也帶來諸多的社會問題，已成為飲食安全的第三大隱形殺手。
　　農藥與獸藥 殘留農藥、獸藥、飼料添加劑對食品安全產生的影響，以成為近年來人們關注的焦點。在美國。由于消費者的強烈反對，35種有潛在的致癌性農藥已經列入禁用的行列。我國雖有機農藥雖然于1983年已經停止生產和使用，但由于有機氯農藥化學性質穩定，不易降解，在食物鏈、環境和人體中可長期殘留，目前許多食品中任有較高檢出量。隨之代替的有機磷類、氨基甲酸酯類、擬除蟲菊酯類農藥，雖然殘留期短、用量少、易于降解，但農藥生產中濫用農藥，導致害蟲抗藥性增強，這又使人們加大農藥量，并采用多種農藥交替使用的辦法進行農業生產。這樣惡性循環，對食品安全性以及人類健康構成了很大的威脅。為預防和治療家禽、家畜、魚類的疾病，促進生長，大量投入抗生素、磺胺和激素等藥物，造成了動物性食品中的藥物殘留，尤其在飼養后去、宰殺前期使用，藥物殘留更為嚴重。一些研究者認為，動物性食品中的致病性大腸桿菌可能正好是由于濫用抗生素導致的，同時也是導致人類使用抗生素療效越來越差的一個致命因素。
　　食品添加劑 為了有助于加工、包裝、運輸、儲藏過程中保持食品的營養成分，增強食品的感官性狀，適當使用一些添加劑是必要的。但要求使用量控制在最低的有效量的水平。否則會給食品帶來毒性，影響食品的安全性，危害公眾健康。食品添加劑對人體的毒性概括起來有致癌性、致畸性和致突變性。這些毒性的共同特點是要經歷長時間才能顯露出來。如動物實驗表明甜精能引起肝癌、肝腫瘤、尿道結石等。
　　食品加工、儲藏和包裝過程 食品烹飪過程中因高溫而產生的多環芳烴、雜環胺都是毒性極強的致癌物質。食品加工中使用的管道、鍋、白鐵管、塑料管、橡膠管、鋁制容器及各種包裝材料等，也有可能將有毒物質帶入食品。例如，使用陶瓷器皿盛裝酸性食物的時候，其表面釉料中所含的鉛、鎘、銻等顏能溶解出來；不銹鋼器皿盛放酸性食品，時間長了也能溶出其中的鉻、鎳等金屬元素。
　　新型食品和其他 隨著生物技術的發展，轉基因作物和食品大量進入食品消費市場，如轉基因大豆、番薯、玉米、馬鈴薯等。轉基因農產品因為其產量高，防蟲防害，生長環境適應性更強等優點得到了大量的推廣。但轉基因產品可能因為其攜帶的一些抗生素基因而導致動物和人類出現抗藥性，抗昆蟲農作物體內的蛋白酶抑制劑和殘留的抗昆蟲毒素則可能直接導致危害人體健康等。所以在歐洲，一些國家明確規定轉基因食品必須予以標明。
　　同時我們還注意到近年來保健食品的盛行也逐步影響到人類的一些習慣和生活，保健食品的隨意濫用也會導致非受眾群體的健康危害，保健食品是介于食品與藥品之間的產品，由于其使用必須符合其適應的癥候群體，很多人過度使用保健食品不僅不能帶來健康反而會危害健康。
　　綜上所述，食品安全因素可能產生于人類的食物鏈的不同環節。其中的某些有害物質或成分，特別是人工合成的化學品，可因生物富集作用而使處在食物鏈頂端的人類受到高濃度的讀物危害。研究和控制食物鏈不同環節中的不安全因素及其可引發的食品風險，掌握其發生發展規律，是有效控制食品風險提高食品的前提和條件。